사스의 전파 | 랴오닝 크라이오바이얼스(Liaoning Cryovials Inc.)

Nature Communications 14권, 기사 번호: 4078(2023) 이 기사 인용

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SARS-CoV-2는 사람과 동물 사이의 양방향 전염이 문서화된 인수공통감염 바이러스입니다. 인간에게서 자유롭게 돌아다니는 흰꼬리사슴(Odocoileus virginianus)으로의 SARS-CoV-2 전염은 변종들이 지속되고 진화할 수 있는 저수지 확립 가능성으로 인해 독특한 공중 보건 위험을 초래합니다. 우리는 2021년 11월부터 2022년 4월 사이에 워싱턴 DC와 미국 26개 주 전역에서 자유롭게 돌아다니는 흰꼬리사슴으로부터 8,830개의 호흡기 샘플을 수집했습니다. 우리는 391개의 서열을 얻었고 Alpha, Gamma, Delta 및 Omicron을 포함한 34개의 Pango 계통을 식별했습니다. 변형. 진화론적 분석에 따르면 이러한 흰꼬리사슴 바이러스는 최소 109건의 인간으로부터의 독립적인 유출에서 유래했으며, 이로 인해 지역적으로 사슴에서 사슴으로 전염된 경우가 39건, 흰꼬리사슴에서 인간으로의 잠재적인 유출이 3건 발생했습니다. 흰꼬리사슴에 반복적으로 적응한 바이러스는 스파이크와 다른 단백질에 걸쳐 아미노산 치환이 반복됩니다. 전반적으로, 우리의 연구 결과는 여러 SARS-CoV-2 계통이 도입되어 흰꼬리사슴에 유행하고 공동 순환되었음을 시사합니다.

중증급성호흡기증후군 코로나바이러스-2(SARS-CoV-2)는 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 및 중동호흡기증후군 코로나바이러스2를 포함하여 결과가 높은 다른 코로나바이러스와 유사한 인수공통감염 바이러스1입니다. SARS-CoV-2는 2019년 출현 이후 빠르게 진화하여 우려 변종(VOC) Alpha, Beta, Gamma, Delta 및 Omicron3을 포함한 수많은 SARS-CoV-2 유전 변이를 생성했습니다. 인간 외에도 사슴4, 밍크5,6,7, 쥐8, 수달, 흰 족제비, 햄스터, 고릴라, 고양이 등 사육 중인 광범위한 야생, 가축 및 외래 동물에서 SARS-CoV-2 감염이 보고되었습니다. , 개, 사자, 호랑이9. 또한, 흔하지는 않지만 동물에서 인간으로의 SARS-CoV-2 전염이 양식 밍크(Neogale vison)5, 6, 집고양이(Felis catus)10 및 흰꼬리사슴(Odocoileus virginianus)에서 기록되거나 의심됩니다. 11, 동물을 2차 인수공통 감염의 잠재적 저장소로 강조합니다. SARS-CoV-2의 동물 저장소는 바이러스가 은밀하게 순환하여 집단 내에서 지속되며 잠재적으로 질병 발생을 일으킬 수 있는 다른 동물이나 인간에게 전염될 수 있는 숙주를 의미합니다.

흰꼬리사슴은 북미의 도시와 시골 지역 모두에서 흔히 볼 수 있으며, 미국 전역에 분포하는 인구는 3천만 명으로 추정됩니다. Damaset al. (2020)은 인간과 흰꼬리사슴 안지오텐신 전환 효소 2(ACE2) 단백질 사이에 높은 수준의 서열 동일성을 보여 주었고12 실험적 감염 연구에서는 (Wuhan-Hu-1 계통) 유사 SARS-CoV-2 바이러스가 흰꼬리 사슴을 쉽게 감염시키고 바이러스 배출을 많이 일으키며 순진한 동종으로 확산됩니다13,14,15. Chandleret al. 미국 내 4개 주에서 2020년 1월부터 검사를 받은 흰꼬리사슴의 40%가 SARS-CoV-2에 노출된 것으로 추정됩니다16. 그 후, 역전사 중합효소연쇄반응(RT-PCR) 검출로 입증된 활성 SARS-CoV-2 감염이 미국(예: 오하이오4, 아이오와17, 펜실베니아18, 뉴욕19)과 온타리오에서 흰꼬리사슴에서 보고되었습니다. , 캐나다11. 현재까지 흰꼬리사슴에서 보고된 바이러스는 아이오와의 Pango 계통20 B.1.2 및 B.1.311(샘플링 기간, 2020년 4월 ~ 2021년 1월)17, 미국의 B.1.2, B.1.582, B.1.596을 포함하여 유전적으로 다양합니다. 오하이오(2021년 1월~3월)4, B.1.1.7(알파), AY.88(델타), AY.5(델타) 및 펜실베니아의 AY.103(델타)(2021년 1월~11월)18, B .1, B.1.1, B.1.2, B.1.243, B.1.409, B.1.507, B.1.517, B.1.1.7(알파), B.1.1.28(감마), P.1(감마) ), 뉴욕의 B.1.617.2(델타)(2020년 9월~2021년 12월)19 및 온타리오의 B.1.641(2021년 12월)(2021년 11월~12월)11. 흥미롭게도 이러한 흰꼬리사슴 바이러스의 대부분은 인간에게 동시에 순환하고 있던 바이러스와 유전적으로 관련이 있었습니다. 동일하거나 가까운 위치에서 서로 다른 이틀에 걸쳐 포획한 여러 동물에서 유전적으로 매우 유사한 바이러스가 확인된 것은 SARS-CoV-2가 흰꼬리사슴 개체군 내에서 전염되었을 가능성이 있음을 시사합니다4, 19. SARS-CoV-의 전염 가능성에 대한 역학적 증거 2 흰꼬리사슴부터 캐나다인까지 2마리가 보고되었습니다11.

50% (Supplementary Data 1). Overall, 282 samples had high sequencing coverage (i.e., >95% of the reference genome) and were selected for further evolutionary analyses./p>

95% of the reference genome (n = 282), an IRMA score of 95%, were selected for further evolutionary analyses./p>0.7, as well as geographically nearby counties. Different statistical support levels were defined as follows: 3 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 10 indicates support; 10 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 100 indicates strong support; 100 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 1000 indicates very strong support; and Bayes factor \(\ge\) 1000 indicates decisive support./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. The timescale of the phylogenetic tree was represented in units of years, and the scale bar indicates the divergence time in years./p>

0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor sequence and the white-tailed deer SARS-CoV sequence was ≥99.85%./p> 0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor SARS-CoV sequence and at least one of the white-tailed deer SARS-CoV sequences ≥99.85%./p> 0.7 for both human1-the deer branch and the deer-human2 subbranch; 4) the nucleotide sequence identity between human1 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2, and that between human2 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2 was ≥99.85%./p>0.9 to be significant, indicating either positive selection (prob(α < β)) or negative selection (prob(α > β))61./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. All these publicly available sequences and associated metadata used in this dataset are published in GISAID’s EpiCoV database and NCBI SARS-CoV-2 Resources./p>